São duas técnicas completamente diferentes. Os transgênicos são produzidos pela modificação genética, e nunca por melhoramento genético.

O melhoramento genético é uma técnica de biotecnologia empregada há milênios para diversos propósitos. Está baseado na combinação genética de duas plantas da mesma espécie por meio de cruzamento sexual ou, em alguns casos, entre plantas de espécies diferentes, mas do mesmo gênero, com grandes semelhanças entre si. Os descendentes desse cruzamento são selecionados, escolhendo-se apenas aqueles indivíduos que tenham as características desejadas, como maior produtividade, resistência a insetos ou doenças. O melhoramento genético trabalha com a diversidade genética dentro de uma mesma espécie.

Já a modificação genética ou transgenia, também conhecida como engenharia genética, é uma técnica de biotecnologia que foi introduzida em 1973. Na transgenia, sequências do código genético são removidos de um ou mais organismos e inseridos em outro organismo, de espécie diferente. A principal implicação da transgenia é a quebra da barreira sexual entre diferentes espécies, permitindo cruzamentos impossíveis de ocorrerem naturalmente, como entre uma planta e um animal, uma bactéria e um vírus. A inserção de genes exóticos em uma planta, por exemplo, pode resultar em efeitos imprevisíveis em seus processos bioquímicos e metabólicos.